Emil Isaac Auerbach wurde am 14. August 1870 in Fürth geboren. Er erwarb grundlegende Kenntnisse über Tora und Talmud in Halberstadt. Dort besuchte er auch das Gymnasium und schloss mit dem Abitur ab. Nach einem Aufenthalt in Fürth besuchte er das von dem Halberstädter Rabbiner Esriel Hildesheimer gegründete orthodoxe Rabbinerseminar Adass Jisroel in Berlin und absolvierte gleichzeitig ein Universitätsstudium, das er mit einer Promotion abschloss. 1896–1898 amtierte er in Rogasen (im Westen Polens) als Rabbiner, anschließend war er in der neo-orthodoxen Gemeinde Leipzig tätig.

Als 1901 sein Vater starb, übernahm Isaac seinen Platz als dritter Rabbiner Auerbach der Gemeinde Halberstadt. Verbunden mit dieser Funktion war die Tätigkeit als Vorstand der jüdischen Schule in Halberstadt. 1919 gehörte Rabbiner Auerbach in Halberstadt dem Verband der orthodoxen Austrittsgemeinden an.

Emil Isaac war verheiratet mit Clara Marx (geb. 30. April 1878 in Darmstadt, gestorben am 14. Dezember 1968 in Haifa, bestattet in Tel Aviv), der Tochter von Rabbiner Lehmann Ascher Marx und Rickchen „Rosa“ Marx (Bodenheimer). Ihre Brüder waren Rabbiner Moshe Marx und Dr. Lion Marx, ihre Schwestern Eva Stern und Miriam Gradenwitz.

Emil Isaac und Clara hatten vier Kinder: Hirsch Benjamin (geb. 1901 – siehe eigene Seite), Lina Abigail (geb. 1902, verh. Seckbach – Ehemann Marcus), Lea (geb. 1904, verh. Schenkolewsky – Ehemann Reuven Zelig/Selig) und Miriam (geb. 1905, verh. Naumburg – Ehemann Max Menachem).

Am 29. Mai 1932 starb Dr. Emil Isaac Auerbach in Frankfurt am Main. Bestattet wurde Rabbiner Auerbach in Halberstadt.